L'actualité

CoViD-19 Point d’épidémio 1er mars

 87 024 cas de COVID-19 (conformément aux définitions de cas appliqué
dans les pays touchés) ont été signalés, dont 2 979 décès, au 1er mars 2020.

Ce qui est établi

Depuis le 09/01/2020, un nouveau coronavirus (2019-nCoV) a été identifié comme étant la cause des cas groupés de pneumonies en lien avec un marché d’animaux vivants dans la ville de Wuhan signalés à l’OMS depuis le 31/12/2019. Cette nouvelle espèce de coronavirus est une souche particulière jamais encore identifiée chez l’homme dont on commence à avoir un certain nombre d’informations sur sa virulence et les conséquences cliniques à court, moyen et long terme de l’infection quelle engendre.

Cas confirmés

AfriqueAlgérie (1), Égypte (1) et Nigéria (1).
AsieChine (79 824), Corée du Sud (3 526), ​​Iran (593), Japon (239), Singapour (102), Hong Kong (95), Koweït (45), Thaïlande (42), Bahreïn (41) , Taïwan (40), Malaisie (25), Émirats arabes unis (21), Vietnam (16), Irak (13), Macao (10), Israël (7), Oman (6), Liban (4), Pakistan ( 4), Inde (3), Philippines (3), Afghanistan (1), Cambodge (1), Népal (1), Qatar (1) et Sri Lanka (1).
AmériqueÉtats-Unis d’Amérique (69), Canada (20), Mexique (4), Brésil (2) et Équateur (1).
EuropeItalie (1 128), Allemagne (111), France (100), Espagne (66), Royaume-Uni (23), Suisse (18), Norvège (15), Suède (13), Autriche (10), Grèce (7), Pays-Bas (7), Croatie (5), Danemark (3), Finlande (3), Géorgie (3), Roumanie (3), Russie (2), Arménie (1), Azerbaïdjan (1), Biélorussie (1), Belgique (1), Estonie (1), Islande (1), Irlande (1), Lituanie (1), Luxembourg (1), Monaco (1), Macédoine du Nord (1) et Saint-Marin (1) .
OcéanieAustralie (26) et Nouvelle-Zélande (1).
AutreCas du navire de croisière (Japon) (705).

Décès documentés

Chine (2 870), Hong Kong (2), Iran (43), Corée du Sud (17), Italie (29), sur un moyen de transport international (Japon) (6), Japon (5), France (2), Australie (1), Taïwan (1), Thaïlande (1), États-Unis d’Amérique (1) et Philippines (1).

Points clés pour le clinicien

  • Il appartient au genre β‐Coronavirus enveloppé à ARN+ monocaténaire membre du groupe des Sarbecoviruses[1]
  • Détection des particules virales dans le sang et les lavages broncho-alvéolaires par RT-PCR[2]
  • Les protéines virales clés ont une homologie à plus de 80% avec celles du SARS[3]
  • Le taux de reproduction initialement mesuré était de 2.0 à 3.0[4] (il semble tendre vers 1.0)
  • La période d’incubation semble être comprise entre 5 et 13 jours[5]
  • Le début des symptômes s’installe sur 3 à 6 jours
  • Le tableau clinique se compose d’une fièvre, de symptômes localisés sur le haut et le bas appareil respiratoire, d’une diarrhée ou d’une combinaison de cet ensemble
  • Le temps médian entre l’apparition des symptômes et la dyspnée est de 8 jours ; les complications les plus fréquentes sont détresse respiratoire aigue (29%), décompensation cardiaque (12%) et surinfection (10%)[6]
  • L’hospitalisation intervient dans les 6 à 10 jours après l’apparition des premiers symptômes[7]
  • Les anomalies biologiques sont marquées par la lymphopénie[8]
  • Les images radiologiques et scannographiques sont marquées par un aspect en « verre dépolie » souvent périphériques ou disséminées[9]
  • Les observations histopathologiques montrent une atteinte septale alvéolaire caractéristique en plus d’une réaction inflammatoire classique[10]

Ce que l’on constate

Sur la cinétique « globale »

L’épidémie continue de progresser indépendamment des mesures de confinement en Chine dans un contexte ou le poids de la chine représente toujours 99% de l’ensemble des cas documentés à ce jour.

On constate que le nombre de cas confirmé par détection directe du virus suit une courbe, initialement d’allure exponentielle dans un contexte où la part relative des cas mortels continue de décroître.
La flèche verte correspond à un changement de détection des cas possibles en Chine qui a consisté à utiliser uniquement les anomalies radiologiques pulmonaires. Cette stratégie se révèle payante puisqu’elle permet de corriger le nombre de cas confirmés biologiquement.
La flèche bleue correspond à une inflexion de la courbe qui semble amorcer un possible retour à une croissance exponentielle. Dans la mesure où la courbe concerne les cas cumules, ce point d’inflexion rend compte de l’augmentation des cas hors Chine.
On note que depuis le 12 février 2020 l’OMS ne communique plus sur le nombre de cas sévères donc cette statistique a été supprimée de l’infographie.

Sur la cinétique « instantanée »

La décroissance de l’accélération des cas documentés semble s’être interrompue depuis le 24/02/2020 (flèche bleue)
La flèche verte correspond à un changement de détection des cas possibles en Chine qui a consisté à utiliser uniquement les anomalies radiologiques pulmonaires. Cette stratégie se révèle payante puisqu’elle permet de corriger le nombre de cas confirmés biologiquement. Cependant, cette correction ne modifie pas la cinétique décroissante au niveau mondial.
On constate que la vitesse de croissance des cas mortels documentés est insignifiante.
Par contre, en l’absence de renseignement des cas sévères depuis le 12 février 2020 entraîne la disparition du suivi de cette statistique.
Il convient aussi de garder à l’esprit que, pour l’instant, cette épidémie n’a rien de commun avec une grippe saisonnière en ce qui concerne sa cinétique ou son ampleur et qu’elle ne se comporte pas comme la « pandémie X » que nous redoutons tous.

Sur la situation Européenne

Suite à la déclaration du Secrétaire Général de l’OMS le 4 février dernier qui déplorait que seulement 38% des cas documentés hors de Chine étaient correctement documentés, on assiste à une correction drastique des cas documentés.
Au 1er mars 2020, on compte 1520 cas dans l’UE/EEE, : Italie (1128), Allemagne (111), France (107), Espagne (66), Royaume-Uni (23), Suisse (18), Norvège (15), Suède (13), Autriche (10), Grèce (7), Pays-Bas (7), Croatie (5), Danemark (3), Finlande (3 ), Roumanie (3), Belgique (1), Estonie (1), Irlande (1), Lituanie (1), Luxembourg (1), Monaco (1), Islande (1) et Saint-Marin (1).

UE/EEE, Royaume-Uni, Saint-Marin, Monaco et SuissecasDécès
Italie 112829
Allemagne 1110
France 1002
Espagne 660
Royaume-Uni 230
Suisse 180
Norvège 150
Suède 130
Autriche 100
Pays-Bas 70
Grèce 70
Croatie 50
Roumanie 30
Danemark 30
Finlande 30
Estonie 10
Monaco 10
Islande 10
Luxembourg 10
Irlande 10
Belgique 10
Saint-Marin 10
Lituanie 10
Total 152031

A ce jour (01/03/20202) trente-et-un décès ont été signalés au Royaume-Uni, à Monaco, à Saint-Marin et en Suisse, vingt-neuf décès ont été signalés en Italie; deux décès ont été signalés en France.
L’ECDC ne communique plus sur les cas de contaminations locales (suspectées d’être autonomes) qui représentaient déjà plus de 60% des cas en Europe. Avec de grandes disparités 88% pour l’Allemagne, 67% pour l’Italie, 58% pour la France et 11% pour le Royaume Uni au 23/02/2020.

Focus sur les cas en France

130 cas confirmés en France 107 isolés en Hôpital 9 en état sévère ou grave dont 3 cas ultramarins d’une même famille (2 à Saint Martin en provenance de métropole et hospitalisés au CH Louis Constant Flemming et 1 en quarantaine à domicile à Saint Barth).

Sur les données cliniques

Le taux de reproduction est toujours estimé pour l’instant à 2,2 (10 sujets porteurs du virus contaminent en moyenne 22 autres personnes).
L’incidence actuelle semble toujours se situer à 0,83/100 000 habitants (pour mémoire l’incidence mensuelle de la grippe se situe régulièrement au-dessus de 1000/100 000 habitants en période épidémique).
La durée moyenne de la période d’incubation est toujours estimée à 12 jours.
D’après les informations disponibles la durée d’hospitalisations des cas en France semble être d’une vingtaine de jours.
Pour mémoire, lors d’une épidémie de grippe, la proportion d’hospitalisations avec passage en réanimation et de 10%, la létalité de l’ordre de 6%) et les durées moyennes de séjour se situent autour de 8,6 jours.

Sur le cas particulier des soignants

En chine, le taux de soignants hospitalisé en raison d’une contamination professionnelle atteint 6%.
En observant les images des reportages diffusés sur les médias, on constate que les soignants ont un équipement de protection assez sophistiqué mais que souvent le masque n’est qu’un simple masque de chirurgie (FFP1) et pour les masques canard (FFP2), on ne connait pas la fréquence de renouvellement ou la durée moyenne de portage avant renouvellement.
On note par ailleurs une grande promiscuité des patients avec les soignants ce qui fait imaginer un taux de réexposition assez intense et la possibilité d’une charge virale cumulée sur les équipements de protection individuels (EPI) non négligeable. Des erreurs au moment du déshabillage peuvent aussi rendre compte du tribut payé par les soignants.
La notion de « charge » ou d’exposition itérative peut aussi rendre compte du fait que le virus montre une capacité d’infection pour les jeunes soignants en bonne santé par rapport à sa cible commune de personnes âgées poly-pathologiques.

Sur l’impact socio-économique

Des tensions sur l’approvisionnement en masque FFP1 apparaissent en raison d’une demande non régulée par certaines autorités sanitaires nationales concernées et l’absence de posture concertée ou partagée à niveau international.
Des tensions sur l’approvisionnement de plusieurs types de médicaments – déjà préexistantes – liées à la délocalisation en Chine des sites de production sont à anticiper/surveiller dès à présent.

Niveau d’alerte en France

A la date du 23/02/2020 la France est au niveau 1 du plan ORSAN REB (plan de mobilisation interne) au niveau de toutes les ARS.
Les 38 établissements de santé habilités Covid-19 (établissements de santé de première ligne) mettent en œuvre les mesures adéquates prévues dans le volet REB de leur plan de gestion des tensions hospitalières et des situations sanitaires exceptionnelles.
Ces établissements doivent être en alerte permanente pour assurer la prise en charge des patients cas possibles et le cas échéant, les cas confirmés.
Les SAMU-Centre 15 sont au cœur du dispositif de réponse. La désignation dans chacun des SAMU d’un référent médical de crise est importante pour assurer la permanence du contact avec le SAMU zonal, l’ARS, la médecine de ville et les établissements de santé.
Cette fonction est aussi garante de la mise à jour des consignes, procédures et de la diffusion des messages institutionnels mais aussi de l’organisation de la montée en puissance du SAMU-Centre 15.

Repérage, détection précoce et modalités de classement

Cas possible

a)Toute personne présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë avec une fièvre ou une sensation de fièvre,
ET
Ayant voyagé ou séjourné dans une zone d’exposition à risque dans les 14 jours précédant la date de début des signes cliniques :

–     La liste des zones d’exposition à risque, définies comme les pays pour lesquels une transmission communautaire diffuse du SARS-CoV-2 est décrite, est disponible sur le site internet de Santé publique France ;
–     Au cas par cas et après consultation de Santé publique France, une exposition avérée ou potentielle à un évènement de type cluster (chaîne de transmission de taille importante), documenté hors de ces zones d’exposition à risque, pourra aussi être considérée.

b)Toute personne présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë dans les 14 jours suivant l’une des expositions suivantes :
–     Contact étroit* d’un cas confirmé de COVID-19, pendant que ce dernier était symptomatique ;

–     Personne co-exposée, définie comme ayant été soumise aux mêmes risques d’exposition (c’est-à-dire un voyage ou séjour dans une zone d’exposition à risque) qu’un cas confirmé.

* Un contact étroit est une personne qui a partagé le même lieu de vie (par exemple : famille, même chambre) que le cas confirmé ou a eu un contact direct avec lui, en face à face, à moins d’1 mètre du cas et/ou pendant plus de 15 minutes, au moment d’une toux, d’un éternuement ou lors d’une discussion ; flirt ; amis intimes ; voisins de classe ou de bureau ; voisins du cas dans un moyen de transport de manière prolongée ; personne prodiguant des soins à un cas confirmé ou personnel de laboratoire manipulant des prélèvements biologiques d’un cas confirmé, en l’absence de moyens de protection adéquats.

Cas confirmé

Toute personne, symptomatique ou non, avec un prélèvement confirmant l’infection par le SARS-CoV-2.

Ces définitions sont susceptibles d’évoluer à tout moment en fonction des informations disponibles.

Ce qui reste toujours en suspend

  • On ne sait toujours pas si le taux de reproduction, le pourcentage de cas symptomatique, de cas sévère et de cas mortel est homogène ou pas selon les régions du monde ou selon le mode de contamination (primaire, secondaire ou tertiaire).
  • La durée de la convalescence reste non documentée à ce jour.
  • Le début de la phase d’excrétion virale contaminante à la phase asymptomatique et au-delà de la phase clinique, pendant la convalescence n’est toujours pas établie.
  • La charge virale seuil prédictive d’une symptomatologie grave n’a pas été identifiée si elle existe.
  • La charge virale dans les excrétas pouvant être responsable d’une contamination chez les patients asymptomatique n’a pas été déterminée à ce jour.
  • Les animaux sauvages et les animaux d’élevage ne semblent pas faire l’objet d’une surveillance
  • On ne sait pas expliquer les raisons du taux élevé de soignants contaminés par leurs patients (problèmes d’efficacité des équipements de protection individuels, de respects des consignes de prévention et de protection, mode de contamination exotique, effet propre de la répétition de l’exposition vs charge virale, …).
  • On n’a pas de projection de l’impact du taux d’absentéisme des soignants sur les capacités de établissements à faire face à une Situation Sanitaire Exceptionnelle si elle devait se développer sur le territoire national
  • On n’a pas de projection sur l’impact des mesures de santé publiques d’une part, sur l’absentéisme lié à l’épidémie d’autre part sur les besoins en matériels de protection, en consommable, en dispositifs médicaux et en médicaments
  • On n’a pas de projection sur l’impact des mesures de santé publiques d’une part, sur l’absentéisme lié à l’épidémie d’autre part sur les contraintes logistiques liées à l’approvisionnement dans un contexte où les fournisseurs sont majoritairement chinois
  • On ne sait pas si l’usage généralisé du port du masque tel qu’il apparait au niveau des populations a un réel impact sur la propagation du virus

Jan-Cédric Hansen
Membre SFMC n° 1161

Pour en savoir plus

https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/cas-de-pneumonies-associees-a-un-nouveau-coronavirus-2019-ncov-a-wuhan-en-chine

https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-china

https://ec.europa.eu/health/coronavirus_en

https://ec.europa.eu/health/sites/health/files/preparedness_response/docs/ev_20200131_sr_en.pdf

https://glohsa.com

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/summary.html

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports/

[1] Fung, Liu. Human coronavirus: host-pathogen interaction. Annu. Rev. Microbiol., 73 (2019), pp. 529-557

[2] Chu, Daniel KW, et al. « Molecular diagnosis of a novel coronavirus (2019-nCoV) causing an outbreak of pneumonia. » Clinical Chemistry (2020).

[3] Zhu, Na, et al. « A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. » New England Journal of Medicine (2020).

[4] Zhou, Tao, et al. « Preliminary prediction of the basic reproduction number of the Wuhan novel coronavirus 2019-nCoV. » arXiv preprint arXiv:2001.10530 (2020).

[5] Li, Qun, et al. « Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia. » New England Journal of Medicine (2020).

[6] Huang, Chaolin, et al. « Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. » The Lancet (2020).

[7] Wang, Chen, et al. « A novel coronavirus outbreak of global health concern. » The Lancet (2020).

[8] Huang, Chaolin, et al. « Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. » The Lancet (2020).

[9] Chung, Michael, et al. « CT imaging features of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV). » Radiology (2020): 200230.

[10] Li, Geng, et al. « Coronavirus infections and immune responses. » Journal of Medical Virology (2020).