L'actualité

Point épidémio CoViD 30-07

Au 29 juillet 2020 (6 mois de pandémie), selon l’ECDC, 16 708 920 cas de COVID-19 (conformément aux définitions de cas et aux stratégies de test appliquées dans les pays touchés) ont été signalés, dont 660 123 décès (soit 3,95 % de mortalité globale). Le temps de doublement des cas est actuellement de 40 jours ce qui veut dire que les 40 millions de cas seront probablement franchis vers le 6/8/2020.

Constat de la semaine

A ce jour 0,212 % de la population mondiale a été contaminée de manière confirmée contre 0,177 % la semaine dernière
Détails des cas confirmés au 29/07/2020
Classement des Zones
1- Amérique : 8 988 101 cas
2- Europe : 2 845 800 cas
3- Asie : 3 983 914 cas
4- Afrique : 873 331 cas
5- Océanie : 17 078 cas
(chiffres ECDC)

Au-delà de représenter plus de la moitié des cas, la région des Amériques signale toujours plus de 100 000 cas de COVID-19 par jour.

La directrice du Bureau régional de l’OMS pour les Amériques, le Dr Carissa Etienne, recommande une plus forte coordination entre les pays et la collecte de données plus fiables pour guider les actions des dirigeants des pays de la zone pour une meilleure protection des personnes (à titre de comparaison, dans la zone Amérique il y a, à ce jour, quelque 765 000 cas de paludismes responsable d’environ 340 décès en 2018).

Le Dr Hans Henri Kluge, directeur régional de l’OMS pour l’Europe, a quant à lui, exhorté les pays de la zone Europe à faire preuve de fermeté et à rester concentrés sur ce que nous savons être efficace pour contenir la dissémination du virus, comme intervenir rapidement dès les premiers signes de cluster et à s’inscrire dans une nouvelle culture de la santé pendant les mois d’été.

Ces deux recommandations restent plus que jamais essentielles car si la cinétique globale est exponentielle, la cinétique européenne est définitivement affine.

Ce qui reste toujours en suspend

  • On ne sait toujours pas si le taux de reproduction, le pourcentage de cas symptomatique, de cas sévère et de cas mortel est homogène ou pas selon les régions du monde ou selon le mode de contamination (primaire, secondaire ou tertiaire).
  • La durée de la convalescence reste non documentée à ce jour.
  • Le début de la phase d’excrétion virale contaminante à la phase asymptomatique et au-delà de la phase clinique, pendant la convalescence n’est toujours pas établie.
  • La charge virale seuil prédictive d’une symptomatologie grave n’a pas été identifiée si elle existe (cependant il a été établi que plus la charge virale est importante plus la symptomatologie est sévère)
  • La charge virale dans les excrétas pouvant être responsable d’une contamination chez les patients asymptomatique n’a pas été déterminée à ce jour.
  • Les animaux sauvages et les animaux d’élevage ne semblent pas faire l’objet d’une surveillance du coup on ne sait pas si des réservoirs secondaires se créent (le cas des clusters en abattoirs pose question).
  • On ne sait pas expliquer les raisons du taux élevé de soignants contaminés par leurs patients (problèmes d’efficacité des équipements de protection individuels, de respects des consignes de prévention et de protection, mode de contamination exotique, effet propre de la répétition de l’exposition vs charge virale, …).
  • On ne communique plus ou peu sur le nombre de soignants contaminés du coup on ne sait pas la présentation clinique préférentielle chez eux (L’OMS a édité un guide destiné aux états pour faire cette étude https://www.who.int/publications-detail/WHO-2019-nCoV-HCW_Surveillance_Protocol-2020.1)
  • On ne sait pas si l’usage généralisé du port du masque tel qu’il apparait au niveau des populations a un réel impact sur la propagation du virus (les pays qui l’ont intégré comme comportement social normal avant la pandémie n’ont pas été protégé).
  • L’usage des masques individuels à faire soi-même nécessite la publication conjointe des modalités d’utilisation (taille des particules filtrées, pourcentage de fuite de l’air inspiré/expiré, durée maximale du port du masque, nombre de cycle de lavage possibles, …) https://www.helloasso.com/associations/institut-pour-la-maitrise-des-risques/collectes/maskadom-je-te-protege-tu-me-proteges

Situation globale

La situation globale reste préoccupante car la courbe du nombre de cas cumulés ne montre toujours pas d’infléchissement au niveau mondial. La cinétique garde son allure exponentielle. Heureusement, l’écart avec la cinétique de la mortalité continue toujours de se creuser. Cela rend compte d’une mortalité relative qui décroit (soit adaptation du virus à l’hôte soit amélioration de la prise en charge médicale).

En toute hypothèse, il conviendrait de clarifier ce point surprenant tant dans son mécanisme causal que dans les conséquences qu’il convient d’en tirer.

Ce qui se confirme, c’est que la vitesse d’accélération continue de croître (flèche verte) et ce, avec une allure de plus en plus exponentielle elle aussi.

Même si certains pays semblent pouvoir s’enorgueillir d’un ralentissement des cas et d’une moindre pression sur leur système de santé, l’épidémie continue, à l’évidence, de progresser au niveau mondial.

Le fait que les cas comptabilisés sur le continent américain aient largement dépassés ceux comptabilisés en Europe est la traduction de cette tendance globale.

L’Europe n’échappe pas à la règle globale car elle n’a toujours pas atteint de plateau au niveau des cas cumulés. Par contre, ce qui semblait être la tendance à un infléchissement de la pente de la courbe, constaté début mai, ne s’est pas confirmé et la pente reste manifestement ascendante (flèches vertes).

Il est manifeste que la courbe est désormais d’allure affine, ce qui n’augure rien de bon.

Cependant, la simulation du nombre des cas actifs au niveau Européen telle que nous l’avons validée il y a plusieurs semaines montre une tendance inquiétante avec l’apparition d’un plateau, puis d’une cupule qui se transforme en re-ascension (flèche verte) qui annonce peut-être une reprise du nombre de cas actifs suite aux mesures de déconfinement si les mesures barrières ne sont pas suffisamment respectées par les populations.

L’absence d’une doctrine claire et partagé, l’absence de stratégie globale et notamment d’objectifs quantitatifs et qualitatifs autant que de critères de succès définis, rend impossible la lisibilité des mesures prises et l’évaluation de la qualité des réponses mise en place. A ce jour, il n’existe pas de stratégie holistique qui aurait pour objet d’influencer chacun des déterminants de la santé humaine, animale et végétale.

Pour construire une telle approche holistique, il conviendrait – à l’aide de la grille des déterminants de la santé – d’évaluer les impacts de l’épidémie dans tous les règnes vivants (humains, animaux, plantes), d’observer et de détecter les effets à tous les niveaux (sites de production, sites de transformation, sites de stockage, circuits de distribution, …), d’anticiper et de planifier les réponses à l’aide de l’inventaire des moyens disponibles et de l’identification des ressources mobilisables, de déterminer les scénarisation des mises en œuvre et de construire les indicateurs à même de mesurer les effets attendus …

Une approche cindynique du pilotage stratégique de cette crise serait d’un apport potentiellement enrichissant en posant les questions fondamentales et clarifiant et en partageant les cinq axes fondamentaux des cindyniques que sont :

  1. Finalités : A quoi sert l’action/la décision, quel est son but ? Quelle est la raison d’être ?
  2. Valeurs : Au nom de quoi ? Qu’est-ce qui guide les acteurs/décideurs dans leurs actions ? Ont-ils la même doctrine ?
  • Règles : Ce qui s’impose, ce que les acteurs/décideurs s’imposent, ce qui leur est imposé par ailleurs ?
  1. Modèles : Comment les acteurs/décideurs pensent que l’épidémie se propage ? Quelle représentation se font-ils de la dynamique et de la cinétique de cette épidémie ? de son interaction avec la société, la nation ?
  2. Données : Quels sont les faits. Comment est géré l’épidémie au niveau de l’état, des ARS, des GHT ? Au niveau des établissements ? Que savent les acteurs/décideurs ? Quel est le niveau de contamination des soignants ? des patients/résidents/citoyens ?

Points clés pour le clinicien

Sur la question du tableau clinique et biologique

Il reste encore beaucoup à comprendre de cette nouvelle pathologie dans un contexte où les cliniciens, les épidémiologistes et les chercheurs s’efforcent de décrire et de caractériser la physiopathologie tout en accompagnant les patients en première ligne.

  • Le virus en cause est le SARS-cov-2 et la maladie est dénommée COVID-19
  • Le SARS-cov-2 appartient au genre β‐Coronavirus enveloppé à ARN+ monocaténaire membre du groupe des Sarbecoviruses[1]
  • La détection directe des particules virales dans le sang et les lavages broncho-alvéolaires se fait par RT-PCR[2]
  • Les protéines virales clés ont une homologie à plus de 80% avec celles du SARS-cov-1[3]
  • Le taux de reproduction initialement mesuré était de 2.0 à 3.0[4] (il semble tendre vers 1.0 au niveau global)
  • Initialement la période d’incubation semblait être comprise entre 5 et 13 jours[5]. Aujourd’hui, la période d’incubation maximale est supposée atteindre 14 jours[6].
  • Le début des symptômes s’installe sur 3 à 6 jours alors que le temps médian entre l’apparition des symptômes et l’admission en unité de soins intensifs (USI) est d’environ 10 jours[7],[8].
  • Le tableau clinique se compose d’une fièvre, de symptômes localisés sur le haut et le bas appareil respiratoire, d’une diarrhée ou d’une combinaison de cet ensemble qui s’enrichie souvent d’une agueusie et d’une anosmie
  • Le temps médian entre l’apparition des symptômes et la dyspnée est de 8 jours ; les complications les plus fréquentes sont détresse respiratoire aiguë (29%), décompensation cardiaque (12%) et surinfection (10%)[9]
  • L’hospitalisation intervient dans les 6 à 10 jours après l’apparition des premiers symptômes[10].
  • Récemment, l’OMS a signalé que le temps entre l’apparition des symptômes et le décès variait de 2 à 8 semaines environ[11].
  • Les anomalies biologiques sont marquées par la lymphopénie[12]
  • Une anomalie du bilan hépatique (ASAT, ALAT et γ-GT) est fréquente[13]
  • Une comparaison des paramètres hématologiques entre les groupes légers et graves montre des différences significatives des taux d’interleukine-6 (IL-6), de d-dimère (d-D), de glucose, du TCA, le fibrinogène et la protéine C-réactive (P < 0,05)[14]
  • Les images radiologiques et scannographiques* sont marquées par un aspect en « verre dépolie » souvent périphériques ou disséminées[15]
  • Les observations histopathologiques montrent une atteinte septale alvéolaire caractéristique en plus d’une réaction inflammatoire classique[16]

* l’OMS vient de publier un rapport sur l’intérêt du diagnostic à l’aide des images radiologiques, scannographiques et échographiques
https://www.who.int/publications/i/item/use-of-chest-imaging-in-covid-19

Sur la question de l’excrétion virale, des anticorps et de leur effet protecteur

Il était déjà démontré sur une cohorte de 67 patients suivis entre le 26 janvier et le 5 février 2020, la durée médiane de l’excrétion de l’ARN du SRAS-CoV-2 était de 12 (3-38), 19 (5-37) et 18 (7-26) jours dans les écouvillons nasopharyngiens, les expectorations et les selles, respectivement. Seuls 13 urines (5,6 %) et 12 plasmas (5,7 %) étaient positifs pour le virus. L’excrétion virale semble être plus longue chez les patients graves que chez les patients non graves. La toux est corrélée à l’excrétion virale mais pas la fièvre. De même, la positivité des selles est corrélée à l’existence d’un toux productive mais pas à celle d’une diarrhée. Les IgM, anti-nucléocapside, apparaissent le 7e jour – taux de positivité au maximum le 28e jour, tandis que les IgG apparaissent au 10e jour et sont maximum au 49e jour après le début de la maladie. Les IgM et les IgG apparaissent plus tôt, et leurs titres sont significativement plus élevés chez les patients graves que chez les patients non graves (p<0,05). Les répondeurs faibles pour les IgG ont un taux de clairance virale significativement plus élevé que celui des répondeurs forts (p= 0,011)[17].

La question du risque de « antibody dependent enhancement » (ADE) du SRAS-CoV-2 en raison d’une exposition antérieure à d’autres coronavirus a été évoquée et ne semble toujours pas tranchée. En effet l’ADE module la réponse immunitaire et peut provoquer une inflammation soutenue, une lymphopénie et/ou une tempête de cytokines, dont l’une ou toutes ont été documentées dans des cas graves et des décès[18].

Cependant cet effet délétère n’est pas incompatible avec un effet protecteur qui semble se dessiner. Une étude sur 60 patients en convalescence (avec un délai d’apparition de 6-7 semaines) a démontré que tous les patients ont été testés positifs pour les IgG contre le virus, tandis que 13 patients ont été testés négatifs pour les IgM. Le taux d’IgG étant supérieur au taux d’IgM. Parallèlement, les taux d’IgM et d’IgG de 10 patients convalescents ont été testés deux fois (à une semaine d’intervalle) ; les deux titres ont montré une diminution, le taux des IgG restant supérieur à celui des IgM[19].

Une autre étude a exploré – entre autres – la sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (PPV) et la valeur prédictive négative (NPV) des taux d’anticorps IgM et IgG spécifiques contre le SRAS-CoV-2. La séroconversion des anticorps IgM et IgG spécifiques a été observée dès le 4ème jour après l’apparition des symptômes. Chez les patients confirmés atteints de COVID-19, la sensibilité, la spécificité, le PPV, le NPV et le taux de cohérence des IgM étaient respectivement de 77,3 % (51/66), 100 %, 100 %, 80,0 % et 88,1 %, et ceux des IgG étaient respectivement de 83,3,3 % (55/66), 95,0 %, 94,8 %, 83,8 % et 88,9 %. Chez les patients chez qui on suspecte la présence de COVID-19, la sensibilité, la spécificité, le PPV, le NPV et le taux de cohérence des IgM étaient respectivement de 87,5 % (21/24), 100 %, 100 %, 95,2 % et 96,4 %, et ceux des IgG étaient respectivement de 70,8 % (17/24), 96,6 %, 85,0 %, 89,1 % et 88,1 %. Ces deux types d’anticorps peuvent donc contribuer au sérodiagnostic de COVID-19 grâce à leur grande spécificité[20].

Une autre étude portant sur 175 patients présentant des symptômes légers a établi que les anticorps neutralisants (NAbs) pour le SRAS-CoV-2 n’ont pas de réaction croisée avec le virus du SRAS-CoV-1. Des anticorps spécifiques au SRAS-CoV-2 sont détectés chez les patients entre le 10e et le 15e jour après le début de la maladie et leurs taux semblent rester stables. Là encore, les patients âgés et d’âge moyen ont des taux de NAbs plasmatique (P<0-0001) significativement plus élevés que les patients plus jeunes[21].

Pour ce qui est de la protection effective de ces anticorps, une étude in vitro laisse entendre un effet protecteur des IgG[22].

Sur la question de la population pédiatrique

La population pédiatrique semble être affectée dans des proportions beaucoup plus faibles que les adultes, dans un contexte où seulement 2 % des cas décrits chez les patients de moins de 20 ans[23].

Sur la question de la vascularite

Le dénominateur commun de toutes les manifestations cliniques semble être l’installation d’une vascularite à topographie protéiforme (poumon, cœur[24], rein, encéphale, …) en plus de l’orage inflammatoire induit par le virus lui-même[25].

Sur la question du repérage des patients

La fiche COREB repérer et prendre en charge un patient atteint d’infection respiratoire aigüe en contexte d’épidémie CoVID-19 est toujours d’actualité :

https://www.coreb.infectiologie.com/UserFiles/File/procedures/fiche-radar-covid19-med-liberale-22-mars-vf-13h.pdf

Le patient type et son devenir

Selon une étude chinoise portant sur 191 patients dont 137 ont été guéris et 54 sont morts à l’hôpital[26] :

  • 48% des patients présentent une comorbidité
    • hypertension 30%
    • diabète 19%
    • coronaropathie 8%
  • Augmentation de la probabilité de décès à l’hôpital associée à :
    • un âge plus avancé (odds ratio 1-10, 95% CI 1-03-1-17, par an d’augmentation ; p=0-0043)
    • un score plus élevé à l’évaluation séquentielle des défaillances d’organes (SOFA) (5-65, 2-61-12-23 ; p<0-0001)
    • d-dimer supérieur à 1 μg/mL (18-42, 2-64-128-55 ; p=0-0033)
  • Durée médiane de l’excrétion virale de 20-0 jours (IQR 17-0-24-0) chez les survivants, mais détectable jusqu’au décès chez les non-survivants. La durée la plus longue observée de l’excrétion virale chez les survivants est de 37 jours.

Parcours type du patient

Le schéma ci-dessous reste totalement d’actualité.

Si l’on s’intéresse à la répartition de la sévérité en fonction de l’âge, on s’aperçoit que les besoins en soins intensifs et le tribut payé par les plus de 60 ans est sans commune mesure avec celui des tranches d’âges plus jeunes[27].

NB : L’OMS a édité un guide de la prise en charge clinique de COVID-19 https://www.who.int/publications-detail/clinical-management-of-covid-19

Sur la situation globale

Détails des cas confirmés au 18/07/2020

Afrique : 873 331 cas ; les cinq pays qui signalent le plus de cas sont l’Afrique du Sud (459 761), l’Égypte (92 947), le Nigeria (41 804), le Ghana (34 406) et l’Algérie (27 973).

Asie : 3 983 914 cas ; les cinq pays qui signalent le plus grand nombre de cas sont l’Inde (1 531 669), l’Iran (296 273), le Pakistan (276 288), l’Arabie Saoudite (270 831) et le Bangladesh (229 185).

Amérique : 8 988 101 cas ; les cinq pays qui signalent le plus grand nombre de cas sont les États-Unis (4 351 997), le Brésil (2 483 191), le Mexique (402 697), le Pérou (395 005) et le Chili (349 800).

Europe : 2 845 800 cas ; les cinq pays qui signalent le plus grand nombre de cas sont la Russie (823 515), le Royaume-Uni (300 692), l’Espagne (280 610), l’Italie (246 488) et l’Allemagne (206 926).

Océanie : 17 078 cas ; les cinq pays qui signalent le plus grand nombre de cas sont l’Australie (15 304), la Nouvelle-Zélande (1 209), Guam (351), la Papouasie-Nouvelle-Guinée (63) et la Polynésie française (62).

Détail des décès documentés

Afrique : 18 471 décès ; les cinq pays qui signalent le plus de décès sont l’Afrique du Sud (7 257), l’Égypte (4 691), l’Algérie (1 163), le Nigeria (868) et le Soudan (725).

Asie : 91 559 décès ; les cinq pays qui déclarent le plus grand nombre de décès sont l’Inde (34 193), l’Iran (16 147), le Pakistan (5 892), la Turquie (5 645) et l’Indonésie (4 901).

Amérique : 346 789 décès ; les cinq pays qui déclarent le plus grand nombre de décès sont les États-Unis (149 256), le Brésil (88 539), le Mexique (44 876), le Pérou (18 612) et le Chili (9 240).

Europe : 203 100 décès ; les cinq pays qui déclarent le plus grand nombre de décès sont le Royaume-Uni (45 878), l’Italie (35 123), la France (30 223), l’Espagne (28 436) et la Russie (13 504).

Océanie : 197 décès ; les cinq pays ayant déclaré des décès sont l’Australie (167), la Nouvelle-Zélande (22), Guam (5), les îles Mariannes du Nord (2) et la Papouasie-Nouvelle-Guinée (1).

Sur la cinétique « globale »

L’épidémie continue toujours de progresser indépendamment des mesures de confinement prise par les pays. Cependant on notera qu’il n’existe pas de stratégie coordonnée et que chaque pays organise son confinement – ou son absence de confinement – comme il l’entend de même que pour sa doctrine de dépistage – ou de non dépistage – des cas.

On constate que le nombre de cas confirmé par détection directe du virus suit finalement une courbe d’allure exponentielle depuis la deuxième semaine de mars (flèche bleue). Dans la mesure où la courbe concerne les cas cumulés, ce point d’inflexion rend compte de l’augmentation des cas hors Chine et depuis plusieurs semaines de l’explosion que connaissent toujours les États-Unis et la Brésil.

Pour l’instant on ne détecte pas au niveau mondial d’inflexion de la courbe des cas cumulés.

Par contre on constate que la courbe des décès n’est pas parallèle et suis une cinétique qui lui est propre et non exponentielle. Ce point reste à clarifier sur le plan épidémiologique.

À ce jour, la Covid-19 est donc responsable de plus de 650 000 décès dans le monde dans un contexte où les infections des voies respiratoires inférieures sont la maladie transmissible la plus mortelle, à l’origine de 3 millions de décès/an (en 4ème position toutes causes confondues)[28].

Sur la cinétique « instantanée »

L’accélération des cas documentés avait atteint un plateau qui n’apparaissait pas stabilisé (flèches bleues). La question « Pour combien de temps ? » avait été posée. La réponse est que l’accélération reprend de plus belle (flèches oranges).

La flèche verte correspond à un changement de détection des cas possibles en Chine qui a consisté à utiliser uniquement les anomalies radiologiques pulmonaires. Cette stratégie s’est révèle payante puisqu’elle a permis de corriger le nombre de cas confirmés biologiquement. Cependant, cette correction ne modifie pas la cinétique croissante au niveau mondial dans un contexte où la Chine ne représente plus que moins de 2 % des cas mondiaux.

On constate que la vitesse de croissance des cas mortels documentés reste toujours insensible à la cinétique globale (flèche marron).

La qualité du « reporting » des cas mortels est plus régulière que celle des cas possibles. On note ici aussi un comportement spécifique de la mortalité qui évolue selon une vitesse qui lui est propre et ce fait mériterait d’être étudié et commenté plus en détails.

Il convient aussi de garder à l’esprit que cette épidémie n’a rien de commun avec une grippe saisonnière en ce qui concerne sa cinétique ou son ampleur. Elle tend de plus en plus à se comporter comme la « pandémie X » que nous redoutons tous.

La différence essentielle est que la mortalité est somme toute marginale par rapport à la pression exercée sur les systèmes de santé qui grâce à leur capacité adaptative ont su limiter la mortalité liée au syndrome de détresse respiratoire aiguë e ce malgré l’absence d’un traitement spécifique étiologique qui fasse consensus. Pour l’instant les traitements symptomatiques semblent apporter une efficacité acceptable.

Sur la simulation globale

En utilisant un modèle de simulation minimaliste qui consiste à retrancher du cumul des cas actifs du jour, le nombre de décès cumulés et le nombre de cas cumulés 21 jours auparavant (temps moyen de durée de l’infection au plan clinique et virologique), on constate que le nombre de cas actif augmente régulièrement depuis plusieurs semaines (flèches jaunes).

En répartissant les cas actifs en nombre de cas asymptomatiques, sévères (hospitalisés) et critiques (nécessitants une assistance respiratoire) on constate aussi un infléchissement du nombre de cas sévères et critiques qui est mise en évidence en France et en Italie notamment (flèches vertes).

Par contre, ce qui semblait être l’amorce d’une nouvelle augmentation du nombre de cas asymptomatiques depuis 5 semaines se confirme (flèche bleue). Il convient d’observer dans la durée l’effet des mesures de déconfinement sur cette nouvelle tendance qui semble ne pas s’expliquer uniquement par l’augmentation des cas aux Amériques.

Les cinétiques respectives du nombre de cas sévères et critiques sont désormais sensiblement parallèles.

Sur la situation Européenne

Bilan des cas

Au 29 juillet 2020, 1 696 069 cas ont été signalés dans l’UE/EEE et au Royaume-Uni : Royaume-Uni (300 692), Espagne (280 610), Italie (246 488), Allemagne (206 926), France (183 804), Suède (79 494), Belgique (66 569), Pays-Bas (53 374), Portugal (50 410), Roumanie (47 053), Pologne (43 904), Irlande (25 929), Autriche (20 682), Tchéquie (15 799), Danemark (13 577), Bulgarie (10 871), Norvège (9 132), Finlande (7 404), Luxembourg (6 375), Croatie (4 923), Hongrie (4 465), Grèce (4 279), Slovaquie (2 204), Slovénie (2 101), Estonie (2 038), Lituanie (2 027), Islande (1 857), Lettonie (1 220), Chypre (1 067), Malte (708) et Liechtenstein (87).

Au 29 juillet 2020, 181 929 décès ont été signalés dans l’UE/EEE et au Royaume-Uni : Royaume-Uni (45 878), Italie (35 123), France (30 223), Espagne (28 436), Belgique (9 833), Allemagne (9 128), Pays-Bas (6 145), Suède (5 702), Roumanie (2 239), Irlande (1 764), Portugal (1 722), Pologne (1 682), Autriche (713), Danemark (613), Hongrie (596), Tchéquie (373), Bulgarie (355), Finlande (329), Norvège (255), Grèce (203), Croatie (140), Slovénie (117), Luxembourg (113), Lituanie (80), Estonie (69), Lettonie (31), Slovaquie (28), Chypre (19), Islande (10), Malte (9) et Liechtenstein (1).

Cinétique des cas Européen

Le comportement est comparable à celui détaillé pour le monde avec une cinétique globale exponentielle. Cependant, un infléchissement modeste de la courbe est visible. Il est confirmé par l’analyse de la vitesse d’accélération détaillée ci-après.

On note une nette tendance à un écrasement de l’accélération (flèches vertes). On ne pourra parler de décélération que lorsque les valeurs seront devenues négatives. Ce comportement est spécifique à l’Europe. Cependant, la courbe affiche un plateau et peut-être même une reprise qui questionne sur les conséquences du déconfinement. La tendance qui se dessinera sur les prochaines semaines conditionnera la qualité du déconfinement. La flèche bleu signale un artefact du à une correction des données recueillies sur 2 jours consécutifs.

Cependant, à l’heure du déconfinement Européen, le décrochage épidémiologique entre l’Europe et le reste du monde est de plus en plus manifeste.

La part relative des cas Européens décroit toujours de manière significative et régulière, après avoir atteint un pic à près de 57% des cas mondiaux fin mars 2020 (moins de 24% à la mi juillet).

Sur les données cliniques

Le taux de reproduction (RO) était initialement estimé à 2,2 (10 sujets porteurs du virus contaminent en moyenne 22 autres personnes sur la durée totale de leur infection soit 3 semaines environ). Dans une publication récente, le R0 moyen est de 3,28 et la médiane de 2,79, ce qui dépasse les estimations de l’OMS de 1,4 à 2,5[29]. Néanmoins, l’atteinte apparente de la vitesse de croisière laisse espérer que RO tendent vers 1.

L’incidence actuelle semble toujours se situer à 0,83/100 000 habitants (pour mémoire l’incidence mensuelle de la grippe se situe régulièrement au-dessus de 1000/100 000 habitants en période épidémique).

La durée moyenne de la période d’incubation est toujours estimée à 12 jours.

D’après les informations disponibles la durée d’hospitalisations des cas en France semble être d’une vingtaine de jours.

Pour mémoire, lors d’une épidémie de grippe, la proportion d’hospitalisations avec passage en réanimation et de 10%, la létalité de l’ordre de 6%) et les durées moyennes de séjour se situent autour de 8,6 jours.

Sur le cas particulier des soignants

En chine, le taux de soignants hospitalisé en raison d’une contamination professionnelle a atteint 6%.

En observant les images des reportages diffusés sur les médias, on constate que les soignants ont un équipement de protection assez sophistiqué mais que souvent le masque n’est qu’un simple masque de chirurgie et pour les masques canard (FFP2), on ne connait pas la fréquence de renouvellement ou la durée moyenne de portage avant renouvellement.

On note par ailleurs une grande promiscuité des patients avec les soignants ce qui fait imaginer un taux de réexposition assez intense et la possibilité d’une charge virale cumulée sur les équipements de protection individuels (EPI) non négligeable. Des erreurs au moment du déshabillage peuvent aussi rendre compte du tribut payé par les soignants.

La notion de « charge » ou d’exposition itérative peut aussi rendre compte du fait que le virus montre une capacité d’infection pour les jeunes soignants en bonne santé par rapport à sa cible commune de personnes âgées polypathologiques.

Sur l’impact socio-économique

Des tensions sur l’approvisionnement de plusieurs types de médicaments et de consommables/dispositifs médicaux – déjà préexistantes – liées à la délocalisation en Chine des sites de production sont manifestent mais les livraisons semblent se faire en temps et en heure.

Les mesures de déconfinement s’intensifient au niveau Européen mais toujours en l’absence d’une coordination ce qui pourrait avoir un impact négatif sur la maitrise de l’épidémie.

Sur le cas particulier des masques

Des tensions sur l’approvisionnement en masque chirurgicaux persistent en raison d’une demande non régulée par certaines autorités sanitaires nationales concernées et l’absence de posture concertée ou partagée à niveau international.

Une initiative portée par la SFMC en collaboration avec l’IMdR tente de contribuer à la résolution de ce problème : https://www.imdr.eu/offres/gestion/actus_818_40390-2312/maskadom-je-te-protege-tu-me-proteges.html. Afin de permettre à chacun de fabriquer des masques, chez lui, MasKaDom met à votre disposition les guides et connaissances nécessaires, préconisés par des experts du risque, du textile et de l’hygiène.

Il est difficile de déterminer exactement quand les masques faciaux ont été utilisés pour la première fois pour aider à contrôler les infections nosocomiales au bloc opératoire. En 1897, Johann von Mikulicz Radecki a décrit un masque chirurgical composé d’une couche de Gaze (tissu très fin et très léger, de coton, de soie ou de lin, à l’aspect presque transparent, dont les fils de trame sont fortement liés à la chaîne)[30]. La même année, Carl Georg Friedrich Wilhelm Flügge (Pflügge) démontrait que les conversations ordinaires pouvaient disséminer des gouttelettes chargées de germes pathogènes provenant du nez et de la bouche, justifiant ainsi la nécessité d’un masque facial efficace[31]. Ces constatations étaient intégrées par les praticiens français dès 1899[32].

En 1918 les premières études expérimentales étaient publiées sur le sujet et confirmaient l’intérêt protecteur du masque pour le patient et les soignants[33]. La première étude ayant essayé de repérer l’influence du nombre de couche/pliage de la Gaze utilisée pour les compresses à fin de construire un masque, retrouvée dans la littérature semble celle datant de 1920[34]. Elle pointait l’influence du nombre de couches et la finesse des mailles de la compresse utilisée et que la respiration devient difficile avec des fuites se produisent autour du bord du masque lorsque le nombre de couche apporte une filtration efficace. Cette étude pointait que les masques en compresse tissée n’apportaient pas une protection supérieure à 50%.

En 1934 la question du masque « adéquat » était posée de manière scientifique et systémique. Ainsi on pouvait lire dans l’article qui en rendait compte : “Par masquage adéquat, on entend la protection du patient par des masques appropriés contre les organismes qui peuvent provenir de la bouche ou du nez de l’opérateur ou de tout membre de l’équipe d’intervention. Un masquage adéquat peut également protéger l’opérateur contre les organismes virulents expulsés des voies respiratoires du patient, en particulier lors d’opérations du nez, des lèvres, de la bouche et de la gorge »[35].

Dans une étude portant sur l’influence de la conception des masques sur leur capacité filtrante, une étude de 1975 démontrait déjà qu’il avait une différence significative d’efficacité entre les masques contenant plus de tissu, plus souples et plissés par rapport à ceux plus rigides, plus petits et non plissés. Les masques réutilisables en tissu de coton étaient aussi efficaces que les masques en tissu synthétique lorsqu’ils étaient bien conçus[36].

L’adaptation du masque au contour du visage semble être l’un des facteurs essentiel de son efficacité au niveau du filtrage de l’air inspiré comme cela a été démontré par un modèle expérimental en 1987[37].

Une étude de 1992 a évalué l’efficacité des masques chirurgicaux avec des débits variant de 5 à 100 L/min pour étudier la dépendance du débit en les comparant à plusieurs masques de type industriel. Cette étude a démontré que la qualité du matériel filtrant intégré au masque était plus importante que la conception même du masque. Une coque à structure poreuse grossière laisse passer 80 % des aérosols avec une faible influence du débit, alors qu’un masque conçu avec un matériel filtrant spécifique ne laisse passer que 25 % des aérosols à un débit de 5 L/min contre 70 % à 100 L/min[38].

Dans une étude datant de 1993 portant sur la pénétration d’aérosols à travers les milieux filtrants et les fuites induites au niveau du joint facial de huit masques chirurgicaux différents, il est apparu que le pourcentage de pénétration à travers les différents filtres varie de 20 % à près de 100 %. En comparaison, un masque contre les poussières et les fumées utilisé en milieu industriel avait un taux de pénétration nettement inférieur. L’étude a conclue à la supériorité des masques industriels sur les masques chirurgicaux en terme de filtration pure mais que les masques industriels avaient un moins bonne résilience en cas d’endommagement[39].

La méthode optique de Schlieren, permet de rendre visibles les flux d’air expiré et d’évaluer l’effet des masques couramment utilisés sur la dispersion des gouttelettes par la toux. Avec cette technique, il a été démontré en 2009 que la toux humaine projette un jet turbulent rapide dans l’air ambiant, mais que le port d’un masque chirurgical ou d’un masque de type N95 (norme américaine proche de la norme européenne FFP2) neutralise ce phénomène naturel soit en bloquant la formation du jet turbulent (masque N95), soit en le brisant et le redirigeant latéralement (masque chirurgical)[40].

Dans une revue de littérature de 2010 ayant étudié 21+25 études sur les masques, il est apparu que les méthodologies ont utilisé un modèle d’explration de niveau moyen ou inférieur. Dans la majorité des études, les facteurs de confusion importants comprenaient l’impact non reconnu de la combinaison simultanée d’autres mesures de lutte contre les infections, le respect des masques, la contamination due à l’enlèvement inapproprié des masques et l’inoculation oculaire. Seules trois études ont comparé directement la valeur protectrice des masques chirurgicaux avec les masques N95. La majorité des études en laboratoire ont identifié les deux types de masques comme ayant une efficacité de filtration variable, mais les masques N95 offraient une protection supérieure contre les particules de taille similaire à celle de la grippe. Les conclusions de cette revue de littérature étaient que Les directives de l’Organisation mondiale de la santé recommandant le port de masques chirurgicaux pour tous les soins aux patients, à l’exception des masques N95 pour les procédures générant des aérosols n’étaient pas entièrement fondée sur des preuves[41].

Dans une autre étude datant de 2013, vingt et un volontaires en bonne santé ont fabriqué leur propre masque facial à partir de t-shirts en coton. Ces masques ont ensuite été testés pour vérifier leur ajustement. Le nombre de micro-organismes isolés à partir de la toux des volontaires en bonne santé portant leur masque fait maison, un masque chirurgical ou aucun masque a été comparé à l’aide de plusieurs techniques d’échantillonnage de l’air. Le facteur d’ajustement médian des masques faits maison était la moitié de celui des masques chirurgicaux. Les deux masques ont réduit de manière significative le nombre de micro-organismes expulsés par les volontaires, bien que le masque chirurgical ait été 3 fois plus efficace pour bloquer la transmission que le masque fait maison. Les conclusions de l’étude sont qu’un masque fait maison ne devrait être considéré qu’en dernier recours pour prévenir la transmission de gouttelettes par des personnes infectées, dans un contexte où ce serait mieux qu’aucune protection[42].

Niveau d’alerte en France

Depuis le 23/03/2020 la France est au niveau 3 du plan ORSAN REB (plan de mobilisation interne) au niveau de toutes les ARS.

Points clés au 17 juillet 2020

Le point sur la situation (23 juillet 2020)

 

En France métropolitaine, la transmission de l’infection à SARS-COV-2 est en augmentation pour la troisième semaine consécutive. Cette augmentation concerne désormais toutes les tranches d’âge.

Depuis la semaine 29, l’augmentation concerne également les personnes âgées de 75 ans et plus, et coïncide avec une augmentation des signalements par les établissements médico-sociaux incluant les collectivités de personnes âgées. Ces résultats invitent à la plus grande vigilance puisque que c’est dans cette population que surviennent les plus g rands nombres de décès dus au SARS-CoV-2.

La diminution des tests chez les personnes ayant des symptômes récents couplés à une augmentation chez celles ayant des symptômes plus tardifs fait craindre une augmentation des délais de dépistage qui pourrait être la conséquence d’une augmentation des délais d’attente pour la réalisation du test de RT-PCR.

 

En France métropolitaine, le nombre de départements classés en niveau de vulnérabilité modéré ou élevé pour le SARS-CoV-2 est en augmentation. Quatre départements sont désormais concernés : Mayenne (élevé) et les Vosges, le Finistère et la Gironde (modéré).

En Guyane et à Mayotte, les épidémies liées au SARS-CoV-2 se poursuivent, mais les pics épidémiques semblent dépassés. Ces deux départements restent classés en niveau de vulnérabilité élevé.

La poursuite de la circulation virale et la confirmation à la hausse des indicateurs épidémiologiques pour ces 3 dernières semaines invitent fortement à maintenir la plus grande vigilance.

Les congés d’été, sont susceptibles de favoriser les comportements à risque, notamment dans le cadre d’évènements et de regroupement familiaux ou amicaux ainsi que lors d’évènements et rassemblements temporaires et de la diminution de l’adoption systématique des mesures de prévention par la population (défaut de respect de la distance physique, de lavage des mains du port du masque, embrassades, saluer en se serrant les mains…). Ces évolutions favorisent la reprise de l’épidémie et son moindre contrôle. S’y ajoutent la mobilité et la dispersion des populations pendant la période estivale ce qui rend les activités de contact tracing plus complexes à mettre en oeuvre.

La progression de la transmission du virus se confirme mais reste cependant modérée et donc maîtrisable par l’application stricte des mesures par chacun de nous, et l’intensification de la stratégie « tester-tracer-isoler ». Chaque personne présentant des symptômes évocateurs de COVID-.

Depuis le 30 mars 2020, le projet GrippeNet.fr s’est adapté à la surveillance du COVID-19 et est devenu COVIDnet.fr. Près de 6 000 personnes remplissent actuellement chaque semaine un questionnaire rapportant les symptômes qu’elles ont éventuellement eus depuis leur dernière connexion.

  • 12 106 personnes ont rempli au moins un questionnaire depuis le début de la saison hivernale 2019-2020.
  • Pour la semaine 25 (du 15 au 21 juin 2020), 6 003 questionnaires hebdomadaires ont été remplis.
  • En semaine 25, la proportion de participants ayant déclaré des symptômes évocateurs du COVID-19 (définition s’appuyant sur les recommandations du Haut Conseil de la santé publique concernant la prescription d’un test diagnostique par un médecin) était de 0,7%, stable par rapport à la semaine précédente

Plus d’info sur https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-17-juillet-2020

 

Toutes les infos utiles et les fiches réflexes pour les secteurs sanitaires, médico-sociaux et ambulatoires de ville sont disponibles sur la page suivante : https://solidarites-sante.gouv.fr/soins-et-maladies/maladies/maladies-infectieuses/coronavirus/coronavirus-PS

Repérage, détection précoce et modalités de classement

Cas possible Mise à jour le 13/03/2020 toujours en vigueur

  1. a) Toutepersonneprésentantdessignescliniquesd’infectionrespiratoireaiguëavecunefièvreouunesensation de fièvre,

ET

Ayant voyagé ou séjourné dans une zone d’exposition à risque dans les 14 jours précédant la date de début des signes cliniques :

  • –  La liste des zones d’exposition à risque, définies comme les pays ou départements français pour lesquels une transmission communautaire diffuse du SARS-CoV-2 est décrite, est disponible sur le site internet de Santé publique France ;
  • –  Au cas par cas et après consultation de Santé publique France, une exposition avérée ou potentielle à un évènement de type cluster (chaîne de transmission de taille importante), documenté hors de ces zones d’exposition à risque, pourra aussi être considérée.
  1. b) Toute personne, même sans notion de voyage/séjour dans une zone d’exposition à risque ou de contact étroit avec un cas confirmé de COVID-19, présentant :

– Une pneumonie pour laquelle une autre étiologie a été préalablement exclue sur la base de critères cliniques, radiologiques et/ou virologiques et dont l’état clinique nécessite une hospitalisation, OU

– Des signes de détresse respiratoire aiguë pouvant aller jusqu’au SDRA (Syndrome de détresse respiratoire aiguë) dans un contexte possiblement viral et sans autre étiologie évidente d’emblée.

Cas probable

Toute personne présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë dans les 14 jours suivant un contact étroit1 avec un cas confirmé de COVID-19 ;

1 Un contact étroit est une personne qui, à partir de 24h précédant l’apparition des symptômes d’un cas confirmé, a partagé le même lieu de vie (par exemple : famille, même chambre) ou a eu un contact direct avec lui, en face à face, à moins d’1 mètre du cas ou pendant plus de 15 minutes, lors d’une discussion ; flirt ; amis intimes ; voisins de classe ou de bureau ; voisins du cas dans un moyen de transport de manière prolongée ; personne prodiguant des soins à un cas confirmé ou personnel de laboratoire manipulant des prélèvements biologiques d’un cas confirmé, en l’absence de moyens de protection adéquats.

Cas confirmé

Toute personne, symptomatique ou non, avec un prélèvement confirmant l’infection par le SARS-CoV-2.

Ces définitions sont susceptibles d’évoluer à tout moment en fonction des informations disponibles.

La conduite à tenir pour les cas classés comme possibles et probables est à interpréter au regard des dernières recommandations du Ministère de la Santé en matière de priorisation du diagnostic biologique

Agence nationale de santé publique
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Avis du HCSP relatif au Coronavirus SARS-CoV-2 et à la prise en charge des personnes à risque de formes graves

Afin de compléter les deux avis provisoires des 10 et 14 mars 2020, le Haut Conseil de la santé publique émet des recommandations prenant en compte l’actualisation des connaissances disponibles. Le HCSP actualise et précise la liste des personnes à risque de formes graves de Covid-19 ainsi que celles pour lesquelles, dans la situation actuelle, la réalisation des tests de diagnostic virologique est prioritaire.

S’agissant des personnes à risque de forme graves de Covid-19, le HCSP rappelle la nécessité de respecter les mesures barrières et de distanciation physique, de privilégier les consultations à distance et de limiter les déplacements dans des lieux à risque de transmission élevée du SARS-CoV2 comme les salles d’attente ou les établissements de santé.

Le HCSP recommande également de différer toute hospitalisation non indispensable et de privilégier les traitements à domicile. Lors d’une hospitalisation, l’application des mesures barrières est particulièrement essentielle.

En établissements médico-sociaux, le visites doivent être restreintes, voire interdite (Ehpad), les activités collectives doivent être supprimées et la sortie de ces établissements interdite pour les résidents. Le port du masque chirurgical doit être systématique pour le personnel et l’hygiène des mains renforcée.

S’agissant des soignants à risque de formes graves de Covid-19, une évaluation de la situation doit être réalisée par le service de santé au travail afin d’envisager une exclusion des services à haut risque de transmission du SARS-CoV-2 et d’envisager un réaménagement du poste de travail. Ces soignants doivent éviter tout contact avec un patient suspect ou confirmés de Covid-19 et porter un masque chirurgical pendant la totalité de leur service. En cas de contact avec un cas de Covid-19, l’avis détaille la conduite à tenir.

Enfin la prise en charge des cas de Covid-19 chez les personnes à risque de formes graves est fonction de la présentation clinique de la maladie et est décrit dans l’avis.

Lire aussi :

 

 

Pour en savoir plus

https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/cas-de-pneumonies-associees-a-un-nouveau-coronavirus-2019-ncov-a-wuhan-en-chine

https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-china

https://ec.europa.eu/health/coronavirus_en

https://ec.europa.eu/health/sites/health/files/preparedness_response/docs/ev_20200131_sr_en.pdf

https://glohsa.com

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/summary.html

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports/

https://web.sapmed.ac.jp/canmol/coronavirus/death_e.html

https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://www.who.int/publications/i/item/use-of-chest-imaging-in-covid-19

https://www.who.int/publications/m/item/emergency-global-supply-chain-system-(covid-19)-catalogue

https://www.who.int/publications/i/item/10665-333185

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