Ce qui est établi
Depuis le 09/01/2020, un nouveau coronavirus (2019-nCoV) a été identifié comme étant la cause des cas groupés de pneumonies en lien avec un marché d’animaux vivants dans la ville de Wuhan signalés à l’OMS depuis le 31/12/2019. Cette nouvelle espèce de coronavirus est une souche particulière jamais encore identifiée chez l’homme dont on possède très peu d’informations sur sa virulence et les conséquences cliniques à court, moyen et long terme de l’infection quelle engendre.
Points clés pour le clinicien
- Il appartient au genre β-Coronavirus enveloppé à ARN+ monocaténaire membre du groupe des Sarbecoviruses [i]
• Détection des particules virales dans le sang et les lavages broncho-alvéolaires par RTPCR [ii] • Les protéines virales clés ont une homologie à plus de 80% avec celles du SARS [iii]
• Le taux de reproduction initialement mesuré était de 2.0 à 3.0 [iv] (il semble tendre vers 1.0)
• La période d’incubation semble être comprise entre 5 et 13 jours [v]
• Le début des symptômes s’installe sur 3 à 6 jours
• Le tableau clinique se compose d’une fièvre, de symptômes localisés sur le haut et le bas appareil respiratoire, d’une diarrhée ou d’une combinaison de cet ensemble
• Le temps médian entre l’apparition des symptômes et la dyspnée est de 8 jours ; les complications les plus fréquentes sont détresse respiratoire aigue (29%), décompensation cardiaque (12%) et surinfection (10%) [vi]
• L’hospitalisation intervient dans les 6 à 10 jours après l’apparition des premiers symptômes [vii]
• Les anomalies biologiques sont marquées par la lymphopénie [viii]
• Les images radiologiques et scannographiques sont marquées par un aspect en « verre dépolie » souvent périphériques ou disséminées [ix]
• Les observations histopathologiques montrent une atteinte septale alvéolaire caractéristique en plus d’une réaction inflammatoire classique [x]
Ce que l’on constate
Sur la cinétique globale
L’épidémie continue de progresser indépendamment des mesures de confinement en Chine dans un contexte ou le poids de la chine représente 99% de l’ensemble des cas documentés à ce jour.
Cumul des cas (cinétique globale) Cas confirmés Monde (WHO) Cas sévères Monde (WHO) Nombre de morts documentés Monde (WHO)
On constate que le nombre de cas confirmé par détection directe du virus suit une courbe initialement d’allure exponentielle dans un contexte où la part relative des cas sévères et des cas mortels continue de décroître.
On note que depuis le 12 février 2020 l’OMS ne communique plus sur le nombre de cas sévères
Sur la cinétique « instantanée »
Variation des incréments (vitesse d’accélération)
Incrément cas confirmés Monde (WHO) Incrément cas sévères documentés Monde Incrément morts Monde (WHO)
Ce qui frappe en premier, c’est la décroissance de l’accélération des cas documentés. On constate que la vitesse de croissance des cas mortels documentés continue sur une accélération bien moindre que celle des cas symptomatiques non sévères. Par contre, l’accélération de la croissance des cas sévères se confirme par rapport au point précédent de la semaine dernière. Les données du 28/01/2020 semblent résulter d’un artefact de recueil des données plus que d’un comportement réel de l’épidémie. Dans le même ordre d’idée, le Secrétaire Général de l’OMS a déploré le 4 février dernier que seulement 38% des cas documentés hors de Chine étaient correctement documentés.
Sur les données cliniques
Le taux de reproduction est toujours estimé pour l’instant à 2,2 (10 sujets porteurs du virus contaminent en moyenne 22 autres personnes).
L’incidence actuelle semble toujours se situer à 0,83/100 000 habitants (pour mémoire l’incidence mensuelle de la grippe se situe régulièrement au-dessus de 1000/100 000 habitants en période épidémique).
La durée moyenne de la période d’incubation est toujours estimée à 12 jours.
D’après les informations disponibles la durée d’hospitalisations des cas en France semble être d’une vingtaine de jours.
Pour mémoire, lors d’une épidémie de grippe, la proportion d’hospitalisations avec passage en réanimation et de 10%, la létalité de l’ordre de 6%) et les durées moyennes de séjour se situent autour de 8,6 jours.
Sur le cas particulier des soignants
En chine, le taux de soignants hospitalisé en raison d’une contamination professionnelle atteint 6%. En observant les images des reportages diffusés sur les médias, on constate que les soignants ont un équipement de protection assez sophistiqué mais que souvent le masque n’est qu’un simple masque de chirurgie (FFP1) et pour les masques canard (FFP2), on ne connait pas la fréquence de renouvellement ou la durée moyenne de portage avant renouvellement. On note par ailleurs une grande promiscuité des patients avec les soignants ce qui fait imaginer un taux de réexposition assez intense et la possibilité d’une charge virale cumulée sur les équipements de protection individuels (EPI) non négligeable. Des erreurs au moment du déshabillage peuvent aussi rendre compte du tribut payé par les soignants. La notion de « charge » ou d’exposition itérative peut aussi rendre compte du fait que le virus montre une capacité d’infection pour les jeunes soignants en bonne santé par rapport à sa cible commune de personnes âgées poly-pathologiques.
Sur l’impact socio-économique
Des tensions sur l’approvisionnement en masque FFP1 apparaissent en raison d’une demande non régulée par certaines autorités sanitaires nationales concernées et l’absence de posture concertée ou partagée à niveau international. Des tensions sur l’approvisionnement de plusieurs types de médicaments – déjà préexistantes – liées à la délocalisation en Chine des sites de production sont à anticiper/surveiller dès à présent.
Ce qui reste en suspens
• On ne sait toujours pas si le taux de reproduction, le pourcentage de cas symptomatique, de cas sévère et de cas mortel est homogène ou pas selon les régions du monde ou selon le mode de contamination (primaire, secondaire ou tertiaire).
• La durée de la convalescence reste non documentée à ce jour. • Le début de la phase d’excrétion virale contaminante à la phase asymptomatique et au-delà de la phase clinique, pendant la convalescence n’est toujours pas établie.
• La charge virale seuil prédictive d’une symptomatologie grave n’a pas été identifiée
• La charge virale dans les excrétas pouvant être responsable d’une contamination chez les patients asymptomatique n’a pas été déterminée à ce jour.
• Les animaux sauvages et les animaux d’élevage ne semblent pas faire l’objet d’une surveillance
• On ne sait pas expliquer les raisons du taux élevé de soignants contaminés par leurs patients (problèmes d’efficacité des équipements de protection individuels, de respects des consignes de prévention et de protection, mode de contamination exotique, effet propre de la répétition de l’exposition vs charge virale, …).
• On n’a pas de projection de l’impact du taux d’absentéisme des soignants sur les capacités de établissements à faire face à une Situation Sanitaire Exceptionnelle si elle devait se développer sur le territoire national
• On n’a pas de projection sur l’impact des mesures de santé publiques d’une part, sur l’absentéisme lié à l’épidémie d’autre part sur les besoins en matériels de protection, en consommable, en dispositifs médicaux et en médicaments
• On n’a pas de projection sur l’impact des mesures de santé publiques d’une part, sur l’absentéisme lié à l’épidémie d’autre part sur les contraintes logistiques liées à l’approvisionnement dans un contexte où les fournisseurs sont majoritairement chinois
• On ne sait pas si l’usage généralisé du port du masque tel qu’il apparait au niveau des populations a un réel impact sur la propagation du virus
Jan-Cédric Hansen
Membre SFMC n°1161
Pour en savoir plus
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infectionsrespiratoires/infection-a-coronavirus/articles/cas-de-pneumonies-associees-a-un-nouveaucoronavirus-2019-ncov-a-wuhan-en-chine https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-china https://ec.europa.eu/health/coronavirus_en https://ec.europa.eu/health/sites/health/files/preparedness_response/docs/ev_20200131_ sr_en.pdf https://glohsa.com https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/summary.html https://www.who
[i]Fung, Liu. Human coronavirus: host-pathogen interaction. Annu. Rev. Microbiol., 73 (2019), pp. 529-557
[ii] Chu, Daniel KW, et al. « Molecular diagnosis of a novel coronavirus (2019-nCoV) causing an outbreak of pneumonia. » Clinical Chemistry (2020).
[iii] Zhu, Na, et al. « A novel coronavirus from patients with pneumonia in China, 2019. » New England Journal of Medicine (2020)
[iv] Zhou, Tao, et al. « Preliminary prediction of the basic reproduction number of the Wuhan novel coronavirus 2019-nCoV. » arXiv preprint arXiv:2001.10530 (2020)
[v] Li, Qun, et al. « Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia. » New England Journal of Medicine (2020).
[vi] Huang, Chaolin, et al. « Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. » The Lancet (2020).
[vii] Wang, Chen, et al. « A novel coronavirus outbreak of global health concern. » The Lancet (2020)
[viii] Chung, Michael, et al. « CT imaging features of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV). » Radiology (2020): 200230.
[ix] Chung, Michael, et al. « CT imaging features of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV). » Radiology (2020): 200230.
[x] Li, Geng, et al. « Coronavirus infections and immune responses. » Journal of Medical Virology (2020).
